Các phương pháp điện di gel, chẳng hạn xét nghiệm tạo hình trên một phức hợp DX (trong hình), được dùng để xác định xem liệu các cấu trúc có hình thành như mong muốn. Mỗi dải dọc trong hình chứa một chuỗi các miền, mỗi miền đặc trưng cho một sản phẩm trung gian phản ứng nhất định.

Trình tự chuỗi của các dải DNA tạo nên cấu trúc đích được thiết kế bằng máy tính, sử dụng các phần mềm làm mẫu phân tử và làm mẫu nhiệt động.[64][66] Các phân tử được tổng hợp dựa trên các phương pháp tổng hợp oligonucleotide thông thường, thường tự động hóa trong một bộ tổng hợp oligonucleotide, và các dải với trình tự tùy biến hiện có sẵn dưới dạng sản phẩm thương mại.[67]  Các chuỗi có thể được làm sạch bằng cách làm biến chất điện di gel nếu cần thiết,[68] và nồng độ có thể xác định được chính xác qua một trong vài phương pháp định tính axit nucleic sử dụng phổ kế hấp thụ tử ngoại.[69]

Các cấu trúc đích sau khi hình thành hoàn toàn sẽ được kiểm chứng bằng phương pháp điện di gel tự nhiên, cung cấp thông tin về hình dạng và kích thước của các phức hợp axit nucleic. Một phép xét nghiệm dịch chuyển độ linh động điện di có thể khẳng định liệu cấu trúc đó có bao gồm tất cả các dải mong muốn.[70] Đôi khi người ta cũng dùng các phương pháp đánh dấu huỳnh quang và truyền năng lượng cộng hưởng Förster(FRET)để xác định cấu trúc của các phức hợp.[71]

Kính hiển vi lực nguyên tử có khả năng chụp ảnh trực tiếp các cấu trúc axit nuleic, rất thích hợp với các cấu trúc hai chiều, nhưng ít hữu dụng cho các cấu trúc ba chiều rời rạc bởi tương tác giữa mũi dò của kính hiển vi với cấu trúc axit nucleic vốn dễ đứt gãy; trong trường hợp này người ta thường dùng kính hiển vi điện tử truyền qua và kính hiển vi điện tử cryo. Các mạng 3 chiều mở rộng được phân tích bằng tinh thể học tia X.[72][73]